La zona presenta nombroses coves amb restes arqueològiques molt més antigues que remarquen un ús continuat de l'espai des d'època prehistòrica -documentades des del Bronze antic (al voltant del 2200 aC) que es podria qualificar com un lloc sagrat de culte. D'altra banda, algunes prospeccions realitzades a l'interior del castell han trobat restes que indiquen una ocupació romana i bizantina.Es creu que el recinte ja es va usar com a refugi per la població existent a la zona durant la invasió islàmica (any 903), i que més tard va tornar a ser usat durant la reconquesta cristiana de Jaume I el 1229. És a partir d'aquest moment, després de la conquesta de Mallorca, quan comptem amb més informació del Castell de Santueri, que va passar a mans de Nunyo Sanç fins a la seva mort el 1241, en que fou heretat pel seu nebot Jaume I, Rei de Mallorca.
El 1248, durant la conquesta de Mallorca pel rei d'Aragó Alfons III, la resistència del castell va ser escassa, rendint-se al cap de pocs dies de setge. Des d'aquesta data i fins a mitjan segle XIV va estar en funcionament davant els continus enfrontaments per la titularitat del Regne de Mallorca. Després, passà a actuar com a lloc de vigilància davant de possibles atacs marítims.A la fi del segle XV pràcticament es troba en desús, encara que fou un punt de resistència en el moviment de la Germanía, enfrontant-se a setges entre 1522 i 1524, sent l'únic dels tres castells roquers que va romandre lleial a la Corona i que resistí l'embat dels agermanats.Transcorreguda aquesta etapa, el castell es va mantenir més o menys actiu davant de possibles amenaces que arribaven des del mar, però la seva degradació i pèrdua d'importància anaren en augment. El 1811 fou venut per l'Estat espanyol a un propietari particular i abandonà totalment la seva funció de fortalesa.